Cette donnée est issue d'une collaboration entre divers institutions (Université de Genève, Conservatoire et Jardin botaniques de la Ville de Genève, Haute école du paysage, d'ingénierie et d'architecture, l'Etat de Genève et le Grand Genève) sous l'égide du consortium GE-21.

La carte des milieux naturels du grand Genève se base sur un travail de certificat de géomatique (2018) qui a compilé les données d'utilisation du sol sur le territoire (Genève, Ain, Haute-Savoie) et sur la géométrie issue des informations de SwissTopo (TLM3D) pour la partie suisse et de l'IGN (BD-Topo) pour la partie francaise.

Ce premier travail d'assemblage a servi de base statistique pour l'attribution des catégories de milieux naturels à la géométrie TLM3D et BD-Topo. Les données cadastrales connues (routes, bâtiments et cours d'eau) sont ensuite incrustées.
La cartographie est détaillée sur près de 542 communes (6'600 km2) et comprend 26 catégories d'utilisation du sol.

Des données satellitaires (Sentinel 2, février-octobre 2018) ont également permis de différencier certaines zones urbaines végétalisées (catégorie végétation urbaine) en réalisant un indice normalisé de végétation moyen (). Les surfaces décrites et leur géométrie n'ont aucune valeur légale. Cette donnée permet d'avoir une vue d'ensemble sur tout le territoire du Grand Genève des milieux naturels ou urbanisés.

A partir de cela, il est possible de faire des statistiques, des projections de projets, des analyses de fragmentation ou de déplacement des espèces au travers de l'infrastructure écologique.

La carte des milieux au 1:25'000 couvre l'ensemble du canton de Genève et distingue 10 catégories de milieux naturels différents. Elle s'intègre au lot de diffusion grand public des données milieux naturels qui comprends deux cartes permettant une prise mise en main des données à différents niveaux (échelle régionale et communale).
Issue d'une procédure de généralisation de la donnée brute, les surfaces décrites sur les cartes n'ont aucune valeur légale.