Cette couche définit les secteurs dont le contexte géographique, géologique et hydrogéologique impliquent des mesures de précaution et des aménagements limitant les risques de pollution des eaux superficielles et souterraines destinées à l'eau de boisson.

- Le secteur Ao est défini pour les eaux superficielles. Il est cantonné sur les rives du lac Léman ainsi que sur certaines zones considérées comme biotopes d'importance nationale.

- Le secteur Au de protection des eaux comprend toutes les surfaces correspondant aux aquifères formés de roches meubles, qui sont le siège de nappes d'eaux souterraines exploitables dignes de protection, ainsi que celles des zones attenantes nécessaires à leur protection.

- Le secteur B de protection des eaux est une particularité genevoise mise en place avec l'accord de l'OFEV pour indiquer des zones particulièrement menacées, mais se situant sous une épaisseur de couche morainique protectrice suffisante.
Ce secteur permet de protéger les aquifères d'objets qui pourraient, en fonction de leur emprise en profondeur, créer un risque sur la ressource (parking souterrain à plusieurs niveaux, sondes géothermiques) sans pénaliser des objets prévus se limitant à un développement en surface ou à faible profondeur sans atteinte possibles pour la nappe (citernes, sous-sol d'immeuble, etc.). Ces secteurs se retrouvent au-dessus de l'extension des nappes d'eau souterraines principales du domaine public.

Une illustration relative au secteur B est disponible dans la partie "Informations complémentaires" de cette fiche.