Milieux spécifiques inventoriés et protégés par différents arrêtés et règlementations (Périmètre du Grand Genève) :
- Habitats naturels d'intérêt communautaire des sites Natura 2000: inventaire détaillé par type d'habitat dans les périmètres des sites Natura 2000
- Arrêté de protection de biotope (APB) : protège en France les sites correspondant à un ou plusieurs habitats naturels, ou biotopes, abritant une ou plusieurs espèces animales et/ou végétales sauvages et protégées.

En Suisse, les catégories suivantes sont protégées par la loi fédérale du 1er juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage (LPN) :
- Inventaire fédéral des bas-marais (milieux ouverts humides à très humides) : réalisé de 1987 à 1990 et entré en vigueur en 1994 avec l'ordonnance sur les bas-marais;
- Inventaire fédéral des haut-marais (tourbières) : effectué entre 1978 et 1984 et entré en vigueur en 1991;
- Inventaire fédéral des sites marécageux (paysages proches de l'état naturel, caractérisés par la présence de marais et abritant également d'autres éléments culturels et naturels remarquables) entré en vigueur en 1994 avec l'ordonnance sur les bas-marais;
- Inventaire fédéral des zones alluviales (zones inondables en bordure de lacs et cours d'eaux constituant des biotopes naturels) entré en vigueur en 1992;
- Inventaires fédéraux des prairies et pâturages secs.